Обеспечение топливом может быть осуществлено альтернативно при наличии приусадебных или фермерских хозяйств, крупных животноводческих комплексов или предприятий по переработке сельскохозяйственной продукции. Отходы от перечисленных видов производственной деятельности представляют собой достаточно калорийное сырье для получения биогаза. Выделяемый при анаэробном сбраживании органической массы газ может быть направлен как на предприятия, поставляющие сырье, так и на бытовые нужды населения, тем самым частично или полностью снимая проблему энергообеспечения зданий. Также процесс анаэробного сбраживания происходит при очистке сточных вод, поэтому метан, получаемых в результате этого процесса, можно использовать, построив биогазовые станции для очистных сооружений.
Такое снабжение топливом позволяет не только покрыть дефицит, но и значительно улучшить экологическую обстановку, так как отходы животноводства и сельского хозяйства в отсутствии организованной переработки постепенно разлагаются в воздушной среде на различные компоненты, загрязняющие окружающую среду. Так, например, в первые месяцы открытого хранения навоза выделятся метан, интенсивность образования которого вызывает парниковый эффект, в 21 раз превышающий последствия от воздействия углекислого газа.
Современные биогазовые комплесы позволяют перерабатывать в биогаз любые виды органического сырья: навоз, птичий помет, зерновая и меласная после спиртовая барда, свекольный, фруктовый, ягодный и овощной жом, травяной силос, отходы рыбных и забойных цехов. Качество сырья для проведения анаэробного сбраживания характеризуется влажностью и выходом биогаза с возможно большим содержанием в нем метана. В среднем из тонны навоза крупного рогатого скота получается 50-65 м3 биогаза, имеющего в своем составе 60% метана. Из различных видов энергетических растений выход топлива в зависимости от вида культур может доходить до 150-500 м3 с 70% содержанием метана. Максимальное количество биогаза 1300 м можно получить из 1 т животного жира, при этом в своем составе он будет иметь до 87% метана.
Альтернативным и сезонно возобновляемым ресурсом для производства биогаза и удобрений является растениеводство культур, обладающих высоким энергетическим потенциалом. В Европе из 15 тыс. биогазовых станций, половина работает на кукурузном силосе, который является одним из наиболее перспективных видов растительного сырья для переработки. Кукуруза дает хороший урожай с гектара и выход газа с 1 т до 220 м3. Следует отметить, что при выращивании энергетических культур средства не затрачиваются на вносимые удобрения, поскольку реакторы их производят попутно с газом.
Биогазовые установки, перерабатывающие навоз, являются самыми простыми по конструктивному исполнению. Микроорганизмы, участвующие в процессе брожения, попадают в навоз из кишечника животных и их не нужно добавлять к отходам для ускорения процесса разложения, как в случае с некоторыми видами растительного сырья. Также нет необходимости оснащать установку реактором гидролиза, который предусматривается для птичьего помета.